安徽农业大学农药学系由植物保护专业发展而来，于1960年创建。该学科于1998年和2018年分获硕士、博士学位授予权。2006年被评为安徽省重点学科。已形成农药学科“本科-硕士-博士”完整的育人体系。现有专任教师11人，来自国内外著名高校和科研机构的教师占90%左右。其中教授5人，副教授3人，讲师3人，均具有博士学位。5人有海外访学经历，年龄在45岁以下8人，是一支高水平、拥有工科、农科、理科等多学科背景的年轻教师队伍。本科年招生规模约120人、研究生约15人，本科毕业生近50%进入国内外知名高校和院所进一步深造，研究生毕业后在农业相关领域开展农药管理、组织、研究、生产、销售等工作。

农药学系拥有完整的科研平台，在绿色农药研发、有害生物抗药性、农药科学合理使用、农药环境转归与降解、农药残留暴露与健康风险等方面开展了深入研究，取得了丰硕研究成果。近5年，年均经费约1000万元，承担国家重点研发计划、国家科技重大专项、国家自然科学基金等各类科研项目100余项。研究成果不断在Journal of Agricultural and Food Chemistry、Pest Management Science、Analytical Chemistry、Journal of Hazardous Materials、Environmental Pollution、Science of the Total Environment、Food Chemistry等国际著名期刊发表。拥有农产品质量安全安徽省重点实验室、安徽农业大学农药残留检测中心（农业农村部农药登记残留试验认证单位）、农业农村部农产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室（合肥）、全国名特优新农产品营养品质鉴定评价机构等平台，并积极开展社会服务工作。