安徽农业大学生态学起步于20世纪70年代后期，2003年开始本科招生，目前逐步形成集环境、生命、农学、资源为一体的共建交叉学科，2003年获得硕士学位授权点，2011年获得一级博士学位授权点，2020年入选安徽省生态学高峰学科，在第四轮学科评估中获得B-。

  安徽农业大学生态学系拥有专职教师 14人，其中教授3人、副教授8人（含高级实验师1人），45岁以下教师占64.3%；拥有生态学省级教学团队1项、安徽省教坛新秀1人、安徽省115产业创新团队技术骨干5人、校级教学名师2人等。经过多年引进、培育，目前已形成一支教学水平优、学术水平高的专业教师团队。

近3年生态学系教师结合学科发展趋势和区域发展要求，积极申报各类科研项目，先后主持国家、省部级等科研项目22项，其中国家级科研项目占45.5%。累计经费为881.6万元；发表国内外重要期刊科研论文34篇，其中发表在Global Change Biology, Environmental Pollution, Geoderma, Agriculture Ecosystems and Environment等期刊SCI论文22篇，授权发明专利5项。